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一、企業(yè)基本情況
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該公司成立于xxxx年x月x日，經濟性質為：其他有限責任公司，注冊資金xxxx萬元，法人代表XXX。經營范圍為房地產開發(fā)；銷售商品房；物業(yè)管理。注冊地點：北京市TT區(qū)，在地稅局繳納的稅種有營業(yè)稅、城市維護建設稅、教育費附加、個人所得稅、土地增值稅、房產稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、企業(yè)所得稅等。
?。ǘ┘{稅情況
該公司檢查期間申報繳納營業(yè)稅30551526.69元，城市維護建設稅2139724.98元，教育費附加916545.80元，個人所得稅1078768.49元，印花稅188389.62元，房產稅1118108.28元，土地增值稅3579124.76元，城鎮(zhèn)土地使用稅276636.24元，企業(yè)所得稅32628695.64元。
二、納稅評估情況
該案件為市局專項檢查案件，檢查要求為：1、建議對該公司2009年1月1日至2010年12月31日在地稅局繳納的各稅種進行全面檢查。2、對該公司開具的發(fā)票進行全面檢查。對該公司取得單筆發(fā)票票面金額在5萬元以上的全部發(fā)票進行核實，該公司取得單筆發(fā)票票面金額在500萬元以上的（含500萬元），均要按照資金鏈、業(yè)務鏈逐一進行交叉稽核。
三、檢查情況
檢查組于2011年4月7日至2012年5月25日對該房地產開發(fā)有限公司 2009年01月01日至2010年12月31日繳納地方各稅的情況進行了檢查。檢查過程中采用的具體檢查方法為實地檢查、調帳及詢問檢查相結合的方式。
?。ㄒ唬I業(yè)稅
該公司的營業(yè)收入為售房收入、銷售車庫收入和出租收入，分別記入“預收賬款”科目、“其他應付款”科目和“其他業(yè)務收入”科目，預收賬款科目又分為銷售二期住房的“預收帳款-二期房款”，和銷售以前一期拆遷房的“預收賬款—個人拆遷款”兩個二級子科目。經檢查，該公司2009年1月-12月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”330299324.00元，“其他應付款”108000.00元，“其他業(yè)務收入”3315654.00元，應納稅收入333722978.00元，應繳納營業(yè)稅16694148.90元，已繳納營業(yè)稅16648346.35元；2010年1月-12月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”17413105.00元，“其他應付款”228000.00元，“其他業(yè)務收入”3107548.00元，應納稅收入20748653.00元，應繳納營業(yè)稅1037432.65元，已繳納營業(yè)稅1162415.79元。該公司2009年1月1日至2010年12月31日營業(yè)稅應稅收入354471631.00元，應繳納營業(yè)稅17723581.55元，已繳納營業(yè)稅17810762.14元。
另外，該公司在2009年取得了房屋回遷款11343693元，這筆收入與2001年至2008年期間取得的一期、三期房屋回遷款超過成本價部份收入243471598.03元，合計254815291.03元，于2009年7月一次申報繳納營業(yè)稅共計12740764.55元。
經抽查檢查，暫未發(fā)現問題。
?。ǘ?城市維護建設稅及教育費附加
該公司城市維護建設稅適用稅率為7%，教育費附加率為3%。2009年1月-2010年12月該公司的售房收入、銷售車庫收入和出租收入應繳納營業(yè)稅17723581.55元，應繳納城市維護建設稅1240650.71元，已繳納城市維護建設稅1247871.46元；應繳納教育費附加531707.45元，已繳納教育費附加534322.86元。
另外，對2001年至2009年期間該公司收取的一期、三期房屋回遷款超過成本價部分的收入，該公司2009年7月一次申報繳納營業(yè)稅12740764.55元，繳納城市維護建設稅891853.52元，繳納教育費附加382222.94元。
經抽查檢查，暫未發(fā)現問題。
?。ㄈ?個人所得稅
2009年1月-2009年12月，該公司發(fā)放補充醫(yī)療保險13940元，未并入工資薪金代扣代繳個人所得稅，工資及補充醫(yī)療保險合計發(fā)放2267118.45元，應代扣代繳個人所得稅596230.46元，已代扣代繳個人所得稅594377.7元，少代扣代繳工資薪金類個人所得稅1852.76元；2010年1月-2010年12月該公司發(fā)放補充醫(yī)療保險35550元，未并入工資薪金代扣代繳個人所得稅，工資及補充醫(yī)療保險合計發(fā)放2150848.19元，應代扣代繳個人所得稅489217.05元，已代扣代繳個人所得稅484390.79元，少代扣代繳工資薪金類個人所得稅4826.26元。
2009年1月-2010年12月該公司發(fā)放補充醫(yī)療保險49490元，未并入工資薪金代扣代繳個人所得稅，共計發(fā)放工資及補充醫(yī)療保險4417966.64元，應代扣代繳個人所得稅1085447.51元，已代扣代繳個人所得稅1078768.49元，少代扣代繳工資薪金類個人所得稅6679.02元，違反了《中華人民共和國稅收征收管理法》第四條第三款、《中華人民共和國個人所得稅法》第二條*9項、第八條、《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第八條*9款*9項的相關規(guī)定。
?。ㄋ模?土地增值稅
該公司2009年1月-12月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”329979865.00元，“其他應付款—車庫”108000.00元，適用稅率1%，應預繳土地增值稅3300878.65元，已預繳土地增值稅3339148.99元；該公司2010年1月-9月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”14066618.00元，“其他應付款—車庫”228000.00元，適用稅率1%，應預繳土地增值稅142946.18元， 2010年10月-12月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”3346487.00元，適用稅率2%，應預繳土地增值稅66929.74元，該公司2010年共計應預繳土地增值稅209875.92元，已預繳土地增值稅239975.77元。
該公司2009年1月-2010年12月共計取得銷售二期住房的“預收賬款”347392970.00元，“其他應付款—車庫”336000.00元，應預繳土地增值稅3510754.57元，已預繳土地增值稅3579124.76元。
經抽查檢查，暫未發(fā)現問題。
?。ㄎ澹?房產稅
該公司存在項目中的裙房、會所、車庫、地下人防投入使用，未按照規(guī)定繳納房產稅的情況。按照賬面記載， 2009年3月投入使用部分的已完工開發(fā)成本為127928848.56元，應繳納房產稅537301.16元，已繳納房產稅128123.24元，少繳納房產稅409177.92元；該公司2009年9月投入使用部分的已完工開發(fā)成本為119089186.17元，應繳納房產稅500174.68元，已繳納房產稅128123.24元，少繳納房產稅372051.34元；該公司2010年3月投入使用部分的已完工開發(fā)成本為114658456.82元，應繳納房產稅481565.52元，已納房產稅128123.24元，少納房產稅353442.28元；該公司2010年9月投入使用部分的已完工開發(fā)成本為115248246.81元，應繳納房產稅484042.64元，已納房產稅128123.24元，少納房產稅355919.40元；該公司2009-2010年共計少繳納房產稅1490590.95元。
由于少繳納稅款超過十萬元，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第
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